生物安全柜它主要是有特殊的气流组织结构同高效的空气过滤器构成的一组具有箱型属性的净化功能负压装置，它的净化能力非常强，其工作状态下BSC内的空气是十分纯净的，而柜外的外周区是空气污染的高发区和易感区，也是人员流动频繁地带，很难保持洁净。安全柜内由于是负压引流，所以污染物也是跟着压力随着通道带入至压力通风口并在其系统下环绕，风扇处吸入室内空气进至风网栅，再经过高效的空气过滤器过滤后流入到操作台，操作台上的气溶胶会跟随气流一起进入后排网栅，大部分差不70%的空气会通过进风过滤器再循环回工作区，而剩下的30%则经过排风过滤器到达房间内亦或到外面，提高了保护的级别。

根据上述的工作原理可以分析出，如果对BSC所在房间内进行有效的清洁消毒，那么就可以减少空气污染或者至少减轻了高效空气过滤器的负担。查阅相关的文献资料还得出了一个共同的观点即：随着BSC工作时间的延长，其外周区的空气细菌总数也随之增长，二者存在合理的线性关系，呈正相关性；对于BSC区内的这种趋势的研究却并未得到此结果。这可能与紫外线消毒效果受限有关，BSC动态条件除其自身工作外，还包括周边的人为活动频繁度、人为干预、气流变化等外部环境特点，这些也都会间接地影响着紫外线消毒的效果。BSC工作后，它的工作原理相对于紫外线具有循环快、输入输出周期短的特点，这样就会不断有新鲜洁净的空气进入而将污染的空气顶出，所以BSC区始终保持着空气洁净的状态，并且即使在工作了一段时间以后，并未发生较大的改变，这也是BSC最大优势所在。虽然BSC有很强的优势，但需要注意的是影响空气洁净的外界人为因素也同样需要重视和控制，人员的呼吸、说话、移动等都会使空气洁净度改变，所以在使用时要减少人员活动否则影响实验结果。