Ⅱ级生物安全柜有前窗操作口, 操作者可以通过前窗操作口在安全柜内进行操作, 前窗操作口向内吸入的负压气流用以保护操作人员的安全;经高效过滤器的下降气流用以保护安全柜内实验物品;气流经高效过滤器过滤后排出安全柜以保护环境。A2型为70%气体循环, 30%气体外排;B2型为100%气体外排。工作原理示意图直观展示了Ⅱ级A2型生物安全柜 (图1左) 和Ⅱ级B2型生物安全柜 (图1右) 的设计结构。

通过示意图可判断A2型和B2型生物安全柜的较大不同设计是送排风的工作原理。A2型生物安全柜的送排风的工作动力全依靠内部风机提供, B2型生物安全柜的内部风机只提供了送风的工作动力, 排风的工作动力另由外部风机单独提供。Ⅱ级A2型生物安全柜的气体排放比例是依靠对送风面和排风面的比例设计, 达到70%循环30%外排的预期控制, 在风机性能稳定的条件下, 送风量和排风量成反比的关系。Ⅱ级B2型生物安全柜的送排风工作分别由各自风机完成, 所以送风量和排风量互不影响。特别应注意的是, 在外排设计时, B2型外排是100%气体排放到了室外大气, A2型外排是30%气体排放到了室内环境。