一种博落回真空冷冻干燥机的微波加热系统,包括环形干燥腔,环形干燥腔以其旋转轴线(o-o)可旋转地、中心对称地设有至少n个插装臂,插装臂并排插装有多个博落回干燥箱；对应n个插装臂垂直地设有n个微波加热机构,所述微波加热机构包括微波加热区,每个插装臂的博落回干燥箱位于相应的所述微波加热区中；还包括驱动连接所述插装臂的旋转直移驱动机,所述旋转直移驱动机在旋转输出状态和直线移动输出状态之间切换。所述博落回真空冷冻干燥机的微波加热系统,可完美实现自动连续装卸和直线移动穿过干燥区之间的切换,干燥箱物料的温度均匀性高,简化了结构,效率高。